Bu isyanın ortaya çıkmasında otorite boşluğu ve ekonomik sıkıntılar önemli rol oynamıştır. Özellikle Moğol baskısından kaçarak Anadolu’ya göç eden, ancak yer ve otlak sıkıntısı çeken Türkmenler ekonomik sıkıntı içine girmişlerdir.
Böyle karışık bir ortamda, bir Türkmen Şeyhi olan Baba İshak Adıyaman’da isyan çıkarmıştır. Ancak isyan güçlükle de olsa bastırılabilmiştir (1240).
Babailer Ayaklanması olarak da bilinen bu isyan, devletin güçsüzleşmesine yol açmış ve dağılma sürecini daha da hızlandırmıştır.